L'église Saint-Gilles est implantée au centre de la place du même nom à quelques centaines de mètres du centre-ville d'Étampes, en bordure de l'ancien tracé de la route nationale 20 de Paris à Orléans.
Une première église fut construite en 1123 lors de la création de la place accueillant le marché au blé institué par Louis VI le Gros.
Au XIIIe siècle, une nouvelle église fut construite dont subsistent le vaisseau, les piliers d'entrée et les piles du transept. À la fin de ce siècle fut ajouté le clocher qui supporte la tour de croisée dans un style roman. Au XVe siècle, le chœur fut reconstruit avec un chevet plat dans un style gothique flamboyant. En 1547 furent ajoutés les collatéraux et chapelles latérales, les clefs de voûte sculptées.